Визначення антитіл до мікросомальної фракції щитоподібної залози використовують для діагностики аутоімунного тиреоїдиту та гіпотиреозу, при яких рівень антитіл в крові підвищується. Антитіла до мікросомах щитовидної залози утворюють імунні комплекси на поверхні клітин, активують комплемент і цитотоксичні лімфоцити, що призводить до руйнування клітин і формуванню запального процесу в щитовидній залозі.