Кримську геморагічну лихоманку диференціюють від інших геморагічних лихоманок, грипу, лептоспірозу, менінгококцемії, черевного тифу, хірургічних захворювань із синдромом «гострого живота»; а також від тромбоцитопенічної пурпури (хвороба Верльгофа) з характерним підгострим початком, відсутністю температурної реакції, геморагічним висипом від дрібних петехій до великих екхімозів на згинальних поверхнях кінцівок, тулуба, частими носовими та іншими кровотечами, гіпохромною анемією, лейкоцитозом, тромбоцитопенією та відсутністю змін з боку серцево-судинної системи.